在4月10日，据媒体人苗原所发布的文章透露，上村健一的助教团队与中方助教之间存在着明显的矛盾，甚至在某次情况下发生了肢体冲突。这一事件引起了广泛关注。
苗原对上村健一及其团队进行了介绍。上村健一作为U17的教练，带领了几名日本助手。从履历、经验和带队训练的能力来看，这些日本助手的水平并不如上村健一。有些与他们在广州富力共事过的教练回忆道，尽管尊重上村的业务能力，但他的日本助手们水平较低，这样的团队组合在国少队中，如果中方教练组有不服气的情况，是完全可以理解的。
尽管如此，由于上村健一与他的团队在沟通上的流畅性，使得他们之间的交流和信任相对更多。对于那些同样辛苦努力的中方团队成员来说，心里难免会有一些不满和疑惑。在一个团队中，“不患寡而患不均”的道理是至关重要的，即最忌讳的就是不公平的待遇。
在海外备战期间，一次因为训练场地的问题，一位日本助手闯入了中方教练布置的场地，双方从言语冲突迅速升级为肢体冲突，最终该日本助手遭到了一记巴掌。虽然上村健一后来平息了此事，但队内的矛盾已经明显暴露出来。
这并非上村团队第一次与中国教练团队发生冲突。在广州、武汉两家俱乐部执教期间，上村健一都与中国教练及俱乐部领导产生过矛盾，包括言语冲突和肢体冲突。尽管有A教练对他的业务能力表示认可，并称上村健一有意在中国留下足球遗产，但性格上的难以相处和对待他人的态度问题也让合作变得不那么愉快。
另一位B教练则对上村健一及其团队持有不同看法。他认为上村健一完全将中国当做了日本，对中国足球的理解与改变甚少，脾气冷硬，使得国内教练很难与他共事，久而久之会对他的执教能力产生怀疑和否定。
这种两极的评价反映了中日足球人在文化思维、处事方式和足球理解上的差异在工作中的体现。在俱乐部如此，在国字号队伍中也同样存在。在U17国青队中，从球迷到队内成员，都对上村健一对部分球员的使用感到难以理解，甚至认为存在所谓的“嫡系球员”。然而，接近上村的知情人表示，上村健一并不会对中国球员有所区分，不存在嫡系之说。
在与沙特的第一场比赛中，上村健一撤下了一名他提拔但却饱受诟病的球员闫宇喆，换上了他来之前球队的后腰组合刘柄麟和刘佳乐。球队的战术也进行了调整，但从门将、后腰控球到经常性的起大脚，结果并不如人意。这一系列的调整和冲突，无疑给这支国青队带来了不小的挑战和考验。
